Sin embargo, este tipo de tratamientos no siempre tienen este efecto preventivo, por ello se está trabajando en la hipótesis de que los efectos protectores del colesterol-HDL no se deben únicamente a la cantidad, sino también a su calidad. De hecho se sabe que las HDL son unas lipoproteinas que ademas de contener colesterol, contienen otros lípidos y proteínas en proporciones muy variables.´Estas variaciones en la composición de las HDL pueden determinar cambios en su función y en su influencia sobre el sistema arterial.
Varios grupos en todo el mundo están investigando estos factores que determinan las bondades de las HDL; uno de los hallazgos más recientes de este esfuerzo se ha publicado en la revista The Journal of Clinical Investigation. En este último trabajo, dirigido por Ulf Landmesser, de la Universidad de Zúrich (Suiza), se revela cómo el HDL de los pacientes con enfermedad arterial coronaria obtenía un efecto diferente en las células de los vasos sanguíneos que los alcanzados por este colesterol de individuos sanos.